O processo de avaliação às instituições do sistema de ensino superior nacional, conduzido pela Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior (A3ES), resulta em três possíveis decisões: Acreditar, Acreditar com condições, Não Acreditar. A UÉ foi acreditada por seis anos, sendo referido no relatório final da Comissão de Avaliação Externa (CAE) que a instituição “dá globalmente cumprimento, tanto em relação à sua organização como ao seu funcionamento, ao que se encontra estipulado legalmente para uma universidade inserida no sistema de ensino superior português, valorizando-se o exercício de planeamento estratégico no sentido de definir 4 áreas-âncora (…)”.

Os pontos fortes identificados pela A3ES são, entre outros, “a oferta formativa acreditada, adequada à missão universitária da UÉvora; o ambiente de ensino-aprendizagem assente na relação interpessoal professor-estudante; a relevante atividade científica (…) de que resulta um número assinalável de artigos científicos em colaboração com investigadores de todo o mundo; a centralização das atividades de investigação numa única unidade orgânica, o Instituto de Investigação e Formação Avançada (IIFA); o esforço desenvolvido por várias áreas para integrar os estudantes de licenciatura já em projetos de investigação; o corpo docente estável, qualificado (…); a diversidade e abrangência da cooperação com instituições prestigiadas de ensino superior e investigação, tanto ao nível nacional como internacional, atingindo nichos/áreas de influência internacionais ainda pouco abordados pela generalidade das instituições nacionais (…)”.

Foi em 2017 que a A3ES iniciou o processo de avaliação e acreditação institucional do conjunto de instituições que integram o sistema de ensino superior nacional, processo que inclui: a verificação do estado de desenvolvimento dos sistemas internos de garantia da qualidade; a contribuição para o emprego científico; o cumprimento das condições de funcionamento estabelecidas pela lei; a verificação de que são mantidos os pressupostos de reconhecimento de interesse público.